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Mon activité de recherche concerne la bioinformatique structurale (Modélisation moléculaire,structure prediction) que j'ai introduite sur Lyon dès 1986 (avant même que le mot n'existe...). En effet, à l'époque, on parlait plutôt d'informatique appliquée à la biologie, voire d'ANalyse THEorique de PROTéines :-).
La bioinformatique structurale est une vraie interdiscipline à la frontière de la biologie (sa raison d'être), la biochimie structurale (pour comprendre la "mécanistique" des structures), de l'informatique (pour en simuler les évolutions), de la chimie (pour comprendre les interactions avec des ligands) et des mathématiques (à cause des problèmes combinatoires soulevés et par la taille des espaces à explorer). Pendant 15 ans, j'ai assuré la responsabilité du groupe de bioinformatique structurale de l'équipe Bioinformatique et RMN structurales à l'IBCP.

 Développement de méthodes d'analyse de séquences et de prédiction des structures secondaires de protéines
Plus de 15 méthodes originales dont [Double Prédiction Method, 1987][Self Optimised Prédiction Method, 1994][Self Optimised Prédiction Method from Alignments, 1995] qui ont été citées 260 fois chacune.

 Développement de logiciels d'analyse de structures 1D, 2D, 3D de protéines
[ANTHEPROT, 1988-2001]. Il faut souligner que ce logiciel a été le premier du genre (avec PC/Gene d'Amos Bairoch). Environ 280 citations, près de 10000 récupérations et environ 1500 requêtes d'analyse effectuées par an.
[DicroProt, 1993]1000 téléchargements et 180 citations

  Intégration de méthodes et serveurs Web d'analyse de structures 1D, 2D, 3D de protéines.
J'ai développé avec C. Geourjon le premier serveur de mail Français pour la prédiction de structures secondaires de protéines (80 000 prédictions en tout). Ensuite, j'ai intégré ces méthodes dans la version 0 de [NPS@ 2000]. C. Combet a repris le développement et maintenu les versions successives (1040 citations en 2016, plus de 6000 analyses par jour en 2009 soit plus de 20 000 000 d'analyses depuis son ouverture en 1998).

  Bioinformatique virale
Dès le début de la virologie moléculaire, j'ai perçu la nécessité de développer des bases de données virales. Ainsi, le développement de la base HCVDB (travail de thèse de C. Combet) a été initié au niveau français (Réseau National Hépatites) puis élargi dans le cadre d'un contrat européen du FP5 [HepCVax] et au sein d'un "workpackage" du FP6 dans [ViRGIL] dont j'ai assumé la responsabilité. La base euHCVdb ainsi développée par C. Combet comprend près de 100000 séquences du virus de l'hépatite C.

  Applications en biologie
Les méthodes ne méritent d'être développées que si elles sont utilisables par la communauté scientifique. C'est pourquoi, les méthodes et outils ont été appliqués le plus souvent en collaboration avec des groupes de biologistes (immunologistes, virologistes, biologistes moléculaires, structuralistes, microbiologistes).

Le groupe de Bioinformatique structurale (voir publications) s'est ensuite étoffé et développe plusieurs axes de recherche:
  GRID computing
  Modélisation moléculaire.
  Intégration de méthodes.
  Serveur Web 3D.
  Drug design et QSAR
  Interactions moléculaires

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Jeudi 22 juin 2017 : 20:29  
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